蛀牙一般不会直接导致早上漱口水发黄，但可能间接加重口腔问题引发该现象。漱口水发黄可能与牙菌斑堆积、口腔细菌代谢产物、食物残渣染色、牙龈出血或肝胆疾病等因素有关。
蛀牙形成的龋洞容易滞留食物残渣和细菌，这些物质在夜间长时间滞留后，可能被细菌分解产生色素。同时蛀牙引发的牙龈炎可能导致轻微出血，血液分解后与唾液混合可能产生铁锈色沉淀。口腔内特定细菌如产色素菌过度繁殖时，其代谢产物也会造成液体着色。
肝胆系统疾病导致的胆红素代谢异常，可能使唾液中的胆红素含量升高。长期服用某些药物如铁剂、抗生素，或吸烟、饮用浓茶等习惯也会造成色素沉积。牙结石表面的多孔结构更易吸附色素，与蛀牙并存时可能加重染色现象。
建议每日早晚采用巴氏刷牙法清洁牙齿，使用牙线清理牙缝，每半年进行专业洁牙。出现持续漱口水发黄应排查肝胆功能，减少咖啡、红酒等易染色饮品摄入。蛀牙患者需及时充填治疗，避免龋损扩大引发更严重的口腔问题，同时可选用含过氧化氢的漱口水帮助减少色素沉积。
