复方珍珠暗疮胶囊可能存在副作用，但多数患者耐受性良好。该药主要用于痤疮治疗，常见不良反应包括胃肠不适、皮肤干燥等，极少数可能出现过敏反应。用药期间需观察身体变化，出现异常应及时停药就医。
复方珍珠暗疮胶囊作为中成药，其副作用多与个体差异有关。部分患者服药后可能出现轻度恶心、腹胀等胃肠反应，通常与药物成分刺激胃肠黏膜有关。皮肤方面可能伴随轻微脱屑或紧绷感，这与药物清热凉血的功效相关。药物中的珍珠粉、黄芩等成分可能引起过敏体质者出现皮疹或瘙痒，但发生概率较低。
少数特殊情况下，长期过量服用可能导致肝功能指标异常，这与药物代谢途径有关。既往有慢性肝病或过敏史的患者风险相对较高。临床曾报道个别病例出现头晕、嗜睡等神经系统症状，但多与合并用药或超剂量使用相关。孕妇及哺乳期妇女禁用该药，可能影响胎儿发育或通过乳汁分泌。
用药期间应避免辛辣刺激性食物，保持规律作息有助于减轻不良反应。建议连续服用不超过8周，若痤疮症状未改善或加重，需及时复诊调整治疗方案。储存时注意防潮避光，性状发生改变时禁止使用。未成年患者应在成人监护下使用，并严格控制用药剂量。
