复杂性肛瘘可能会复发，复发可能与肛瘘内口处理不彻底、术后创面感染、肛腺持续感染、瘢痕形成引流不畅、患者基础疾病控制不佳等因素有关。
1、肛瘘内口处理不彻底
手术中若未能准确定位或完全清除原发感染灶的肛腺内口，残留的感染源可能导致瘘管重新形成。典型表现为术后创口长期渗液伴局部硬结，需通过直肠超声或MRI明确内口位置后行二次手术。临床常用头孢克肟分散片、甲硝唑片等药物控制感染。
2、术后创面感染
术后换药不及时或粪便污染可能引发创面细菌感染，导致炎性渗出物堵塞新生肉芽组织。患者多见肛门灼痛伴脓性分泌物，需每日高锰酸钾坐浴并配合莫匹罗星软膏局部抗感染。严重者需拆除部分缝线引流。
3、肛腺持续感染
患者存在克罗恩病或糖尿病等基础疾病时，肛腺持续处于慢性炎症状态。特征为反复肛门肿痛伴多发性瘘管，需长期服用美沙拉嗪肠溶片控制原发病，配合康复新液促进创面愈合。
4、瘢痕形成引流不畅
术后过度瘢痕增生可能压迫瘘管通道，导致分泌物滞留引发感染复发。临床可见肛门硬结伴排便困难，可采用地奥司明片改善局部循环，必要时行瘢痕松解术。
5、患者基础疾病控制不佳
糖尿病患者血糖未达标或免疫抑制剂使用者，其组织修复能力下降易致复发。需监测糖化血红蛋白水平，结核性肛瘘患者应规范服用异烟肼片等抗结核药物。
术后应保持肛门清洁干燥，每日温水坐浴1-2次，避免久坐久站。饮食需增加燕麦、西蓝花等膳食纤维摄入，限制辛辣刺激食物。定期复查肛门指诊及超声，发现肛周红肿疼痛及时就医。伴有克罗恩病或糖尿病患者需每3个月复查肠镜及血糖指标。