9月6日，国家卫生计生委、财政部联合印发《关于做好2013年新型农村合作医疗工作的通知》，要求在前期改革的基础上，全面推开利用新农合基金购买城乡居民大病保险的试点，以省(区、市)为单位全面推开20个病种的重大疾病保障试点工作，提高参合农民受益水平，并深入推进新农合支付方式改革，以此推动基层医疗卫生机构运行机制改革。
统筹结余不超
当年筹资总额25%
从2013年起，各级财政对新农合的补助标准从每人每年240元提高到每人每年280元。其中，原有240元部分，中央财政继续按照原有补助标准给予补助;新增40元部分，中央财政对西部地区补助80%，对中部地区补助60%，对东部地区按一定比例补助。参合农民个人缴费水平原则上相应提高到每人每年70元。
《通知》要求，地方各级卫生(卫生计生)行政部门采取有效措施，确保新农合基金结余率在2012年的水平上有明显下降，实现统筹基金累计结余不超过当年筹资总额的25%，当年结余不超过当年筹资总额的15%。2012年当期基金收支出现赤字及2013年存在基金超支风险的部分地区，要通过精细测算、控制不合理费用增长等方式，确保基金不出现净超支现象。
加大管控力度
确保有效用于农民看病
《通知》指出，2012年审计署对社保基金进行了全面审计，地方各级卫生(卫生计生)行政部门要根据审计发现的问题，有针对性地完善新农合基金管理制度和措施，特别是加大对乡村两级门诊统筹和异地就医发生费用的审核力度，严格执行审核支付流程和标准，规范岗位设置和职责分工，建立健全内部控制制度和违规责任追究制度，确保新农合基金有效用于参合农民看病就医。
两个全面推开
“兜住”大病治疗
《通知》要求，地方各级卫生(卫生计生)行政部门加快推进商业保险机构参与新农合经办服务和大病保险工作，全面推开利用新农合基金购买城乡居民大病保险的试点，鼓励以地市或省为单位开展大病保险工作，做好大病保险与新农合重大疾病保障的衔接，积极创造条件逐步向大病保险统一，确保参合农民待遇不降低;要以省(区、市)为单位全面推开儿童白血病、先天性心脏病、终末期肾病等20个病种的重大疾病保障试点工作，通过谈判、团购的方式将原研药、专利药等特殊药品纳入报销范围，降低药品费用。
引导合理就医
支付方式改革扩面
《通知》要求，进一步优化统筹补偿方案，提高保障水平，将政策范围内住院费用报销比例提高到75%左右，进一步提高统筹基金最高支付限额和门诊医药费用报销比例，适当拉开不同级别医疗机构间的门诊和住院报销比例，将门诊逐步引向乡村医疗机构，将住院主要引向县乡两级医疗机构，引导农民合理就医流向，推动实现“小病不出乡、大病不出县”。
《通知》强调，要深入推进新农合支付方式改革，结合门诊统筹推行按人头付费，结合门诊大病和住院统筹推行按病种付费等多种形式的支付方式改革，增强改革的规范性和实效性，扩大支付方式改革对医疗机构和病人的覆盖面，有效控制医疗费用不合理增长，提高参合农民受益水平，并以此推动基层医疗卫生机构运行机制改革。
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