谈到乳腺癌的临床治疗，任军教授指出，现阶段我国在临床研究方面还要落后于西方国家，尤其是在生物信息学方面，国内的人才和专业性都要相对滞后。他说，在西方国家，临床案例中，早期乳腺癌患者占70%~80%的比例，而他们现在的目标是寻找更早期的案例，“寻找原位癌的治疗方法”。“而我国现在的攻关则是在‘发现’的阶段，I期病患所占比例仅在10%～15%的比例，IV期病患则占据最高比例。”

“医生要坚持从事研究工作”。任军是这样说的，也是这样做的。从2000年开始，他带领小组成员研究针对高危、年轻和三阴性患者提出特异性化疗联合免疫重建治疗方法，根据乳腺癌的不同转移部位采用有针对性的治疗方案，以乳腺癌干细胞为靶向细胞，经过10年临床研究，术后五年患者的存活率提高了55%。任军教授解释，这项研究的主要意义是改变了人们对于“化疗”的认识。它让人们意识到，化疗不仅仅是杀死细胞。“治疗乳腺癌最重要的还是要采取规范化手段，还是要有一些专科的医生来做治疗。所以我也常跟患者说：治病要找找你信赖的医生。目前我国患者对医生的依从性还比较差。”

“要用科学的方法去看问题。即使是专业知识很强的医生，也不要轻易去否定一种治疗方法，因为医学是不断发展的，人们对于肿瘤的认识也会越来越深刻，越来越专业化。”

任军主任说：“肿瘤的治疗一定要用科学研究来作支持。在我们所做的所有研究中，哪怕只能够起到10%的作用，也就值了。”