丝瓜根里流出的水不建议直接饮用。丝瓜根分泌的液体可能含有植物代谢产物或环境污染物，直接饮用存在健康风险。
丝瓜根渗出的液体本质上是植物伤流液，主要成分为水分、矿物质及少量有机化合物。在自然生长状态下，根部可能吸收土壤中的重金属、农药残留或致病微生物，这些物质可能随伤流液排出。直接饮用可能导致胃肠不适，甚至引发感染或中毒反应。新鲜丝瓜根汁在传统医学中有外用记录，但内服需经专业炮制处理。
极少数地区存在将丝瓜根水煮沸后作药用的民间做法，但需确保原料来自无污染环境，且经过充分高温灭菌。未经处理的丝瓜根液可能含有葫芦素等天然毒素，误食会引起呕吐腹泻等中毒症状。特殊情况下如需药用，应在中医师指导下规范制备。
建议通过正规渠道获取饮用水，避免直接采集植物分泌物饮用。若误饮丝瓜根水后出现腹痛、头晕等症状，应立即就医。日常饮食中可选择丝瓜果实烹饪食用，其富含膳食纤维和维生素，但根部组织不宜作为食材处理。