双侧卵巢囊肿是否严重需根据囊肿性质决定，生理性囊肿通常无须特殊处理，病理性囊肿可能引起不孕等问题。双侧卵巢囊肿的严重程度与囊肿类型、大小、生长速度等因素有关，主要包括生理性囊肿、子宫内膜异位囊肿、囊腺瘤、畸胎瘤、恶性肿瘤等类型。
1、生理性囊肿
生理性囊肿多为滤泡囊肿或黄体囊肿，与月经周期相关，直径通常小于5厘米，多数在2-3个月经周期内自行消退。此类囊肿不会影响生育功能，一般无须药物治疗，建议定期复查超声观察变化。若出现剧烈腹痛需警惕黄体破裂可能。
2、子宫内膜异位囊肿
子宫内膜异位囊肿即巧克力囊肿，可能与经血逆流、免疫异常等因素有关，通常表现为进行性痛经、性交痛等症状。囊肿可能破坏正常卵巢组织，导致卵巢储备功能下降。临床常用地诺孕素、戈舍瑞林等药物抑制病灶进展，必要时需腹腔镜手术剥除。
3、囊腺瘤
囊腺瘤属于良性上皮性肿瘤，可分为浆液性或黏液性两类。肿瘤增大可能压迫周围器官，引起尿频、便秘等症状。超声检查可见囊内分隔或乳头状突起，确诊后建议手术切除。保留卵巢的囊肿剥除术可最大限度保护生育功能。
4、畸胎瘤
畸胎瘤多为成熟性囊性畸胎瘤，内含油脂、毛发等组织。瘤体扭转是常见急症，表现为突发下腹剧痛伴恶心呕吐。无论肿瘤大小均建议手术切除，腹腔镜手术是首选治疗方式。未发生扭转的畸胎瘤一般不影响受孕。
5、恶性肿瘤
双侧卵巢恶性肿瘤较为罕见，但具有生长迅速、腹水生成等特征。CA125等肿瘤标志物显著升高需高度警惕。治疗需根据病理类型选择全面分期手术联合化疗，早期发现可显著改善预后。恶性肿瘤会严重损害卵巢功能且可能危及生命。
发现双侧卵巢囊肿后应完善肿瘤标志物、磁共振等检查明确性质。生理性囊肿建议3个月后复查，病理性囊肿需根据医生建议选择药物或手术治疗。日常避免剧烈运动防止囊肿破裂，保持规律作息有助于内分泌平衡。计划妊娠者应尽早评估卵巢储备功能，必要时通过辅助生殖技术解决生育问题。