做肠镜胃镜危害并不大，可能出现的不适主要有咽喉不适、腹胀腹痛、少量出血、麻醉风险、感染概率低。检查属于微创操作，整体安全性较高。
检查过程中内镜通过咽喉或肛门时可能引发短暂恶心、异物感，多数患者可耐受。胃镜后咽喉轻微疼痛多在1-2天缓解，肠镜检查后气体残留可能导致短暂腹胀，通过适当走动可促进排气。黏膜轻微擦伤造成的渗血通常无须特殊处理，凝血功能正常者出血可自行停止。
极少数情况下可能发生穿孔或大出血，概率低于千分之一，多与患者存在溃疡、息肉切除或肠道结构异常有关。静脉麻醉存在呼吸抑制、过敏反应等风险，但麻醉师会全程监测生命体征。器械消毒不严格可能引发感染，正规医疗机构均执行严格消毒流程。
检查前需空腹6-8小时，肠镜需提前服用清肠药物排空肠道。高血压、糖尿病患者应提前调整用药，告知医生过敏史和用药史。检查后2小时内禁食禁水，麻醉完全清醒前需家属陪同。出现持续腹痛、呕血、便血或发热需立即就医。合理选择正规医疗机构，配合医生操作规范可最大限度规避风险。