间充质干细胞不能治疗遗传性疾病、晚期器官衰竭、恶性肿瘤等疾病。间充质干细胞的应用范围有限，主要受限于疾病类型、病理机制及细胞分化能力等因素。
1、遗传性疾病
间充质干细胞无法纠正基因缺陷导致的遗传性疾病。这类疾病由特定基因突变引起，如囊性纤维化、亨廷顿舞蹈病等。间充质干细胞虽然具有多向分化潜能，但无法修复已突变的基因序列。目前针对遗传性疾病的治疗仍依赖基因编辑技术或对症支持治疗。
2、晚期器官衰竭
间充质干细胞难以重建已完全丧失功能的终末期器官。对于肝硬化晚期、尿毒症等疾病，干细胞移植无法替代器官移植的作用。这类情况下器官实质细胞已大面积坏死，微环境严重破坏，干细胞难以存活并发挥修复作用。
3、恶性肿瘤
间充质干细胞不适用于恶性肿瘤的根治性治疗。虽然部分研究尝试用干细胞携带抗肿瘤药物，但其本身可能被肿瘤微环境同化甚至促进转移。实体瘤的异质性和微环境复杂性使得干细胞治疗存在安全隐患。
4、急性感染性疾病
间充质干细胞不能直接杀灭病原体，对细菌性肺炎、脓毒血症等急性感染无效。这类疾病需要抗生素等特异性治疗，干细胞免疫调节作用在急性感染期可能抑制必要的免疫应答。
5、神经系统退行性疾病晚期
间充质干细胞对阿尔茨海默病、帕金森病晚期患者神经功能恢复效果有限。当大量神经元已不可逆死亡时，干细胞难以重建复杂的神经环路，仅可能提供有限的营养支持作用。
间充质干细胞治疗需严格评估适应症，目前主要应用于骨关节疾病、移植物抗宿主病等有限领域。患者应选择正规医疗机构进行评估，避免盲目接受未经验证的干细胞治疗。同时保持健康生活方式，合理膳食补充蛋白质和抗氧化物质，适度运动改善体内微环境，为可能的细胞治疗创造有利条件。