腐乳对身体既有好处也有坏处，适量食用可补充营养，过量则可能增加健康风险。腐乳的营养价值主要有优质蛋白、B族维生素、矿物质，潜在风险包括高钠、亚硝酸盐、嘌呤含量。
腐乳作为发酵豆制品，含有大豆异黄酮和益生菌，有助于调节肠道菌群平衡，对更年期女性可能缓解潮热症状。其蛋白质经发酵更易吸收，适合消化功能较弱的人群。腐乳红曲成分含天然他汀类物质，对血脂调节存在潜在益处。但制作过程中盐分渗透使得钠含量极高，每100克腐乳钠含量超过每日推荐摄入量的一半，高血压患者需严格控制。长期过量摄入可能加重肾脏负担，增加水肿风险。
腐乳发酵过程可能产生微量亚硝酸盐，与胺类物质结合形成亚硝胺，存在潜在致癌性。霉变腐乳可能污染黄曲霉毒素，对肝脏造成损伤。嘌呤含量较高可能诱发痛风急性发作，高尿酸血症人群应避免。部分人群对发酵产物敏感，可能出现腹胀、皮疹等过敏反应。市售腐乳常含防腐剂苯甲酸钠，长期摄入可能影响代谢功能。
建议健康人群每周食用不超过3次，每次控制在半块以内。高血压、肾病、痛风患者应咨询医生后谨慎食用。选购时注意观察质地是否均匀、有无异味，开封后需冷藏并尽快食用。可搭配新鲜蔬菜水果中和盐分，或选择低盐腐乳品种。发酵食品需注重饮食多样性，避免单一过量摄入导致营养失衡。