低危型HPV11感染通常可以自愈，多数患者通过自身免疫力可在1-2年内清除病毒。若出现生殖器疣等病变，需结合临床干预。
低危型HPV11属于人乳头瘤病毒中致病性较弱的亚型，感染后常表现为无症状或短暂携带状态。人体免疫系统在6-12个月内可识别并清除大部分病毒颗粒，尤其对于免疫功能正常的年轻人群，病毒载量会逐渐降低直至转阴。定期复查中若连续两次HPV检测阴性且无临床症状，可认为达到生物学自愈。此过程无须特殊治疗，但需保持规律作息、均衡营养以增强免疫力。
约10%-20%的感染者可能出现生殖器疣等临床表现，这与病毒持续感染或局部免疫微环境异常有关。当疣体直径超过5毫米、生长迅速或合并出血感染时，自愈概率显著降低。此时需采用冷冻治疗清除疣体，或使用咪喹莫特乳膏调节局部免疫反应。反复发作的病例可能存在细胞免疫缺陷，建议进行淋巴细胞亚群检测。
建议每6个月进行HPV分型检测和醋酸白试验，疣体消退后仍需监测1年。避免使用公共浴具以防交叉感染，性伴侣应同步筛查。合并糖尿病等基础疾病者需严格控制血糖，吸烟者建议戒烟以改善黏膜免疫状态。