新生儿化脓性脑膜炎存在复发可能，但概率较低。复发风险与治疗是否彻底、是否存在基础疾病等因素相关。
新生儿化脓性脑膜炎经过规范抗感染治疗后，多数患儿可完全治愈。早期足量使用敏感抗生素是关键，常见病原体如B族链球菌、大肠埃希菌等对青霉素类、三代头孢类药物通常敏感。疗程需持续2-3周，脑脊液检查恢复正常后仍需巩固治疗。若治疗期间出现抗生素选择不当、疗程不足或合并脑室炎等情况，可能导致病原体残留，增加复发风险。
少数患儿可能因先天免疫缺陷、脑脊液漏或脑室腹腔分流术后感染等特殊原因复发。早产儿、低出生体重儿及存在脊柱裂等神经系统畸形的患儿更需警惕。复发时症状可能与初次发作类似，表现为发热、喂养困难、前囟膨隆等，但部分患儿症状不典型，仅表现为精神反应差或黄疸加重。
日常需保持皮肤清洁，避免脐部感染，母乳喂养有助于增强免疫力。若发现异常神经症状应及时复查脑脊液，必要时进行头颅影像学检查。出院后定期随访至1岁，监测生长发育及神经系统后遗症。