流感病毒感染期间一般可以戴棉口罩，但防护效果不如医用外科口罩或N95口罩。棉口罩对阻挡飞沫有一定作用，但无法有效过滤病毒颗粒。
棉口罩材质疏松，孔隙较大，主要功能是保暖和阻挡肉眼可见的飞沫。在流感季节或人员密集场所，棉口罩能减少直接接触他人喷嚏、咳嗽产生的飞沫，降低病毒通过口鼻黏膜直接入侵的概率。日常居家或通风良好的户外环境，佩戴清洗消毒后的棉口罩可满足基本防护需求。
医用外科口罩由熔喷布等多层材料构成，能过滤大部分细菌和病毒。N95口罩的过滤效率更高，适合高风险环境使用。流感病毒主要通过空气飞沫传播，粒径通常小于5微米，棉纤维无法有效拦截这类微小颗粒。若需前往医院等高风险场所，或照顾流感患者时，建议优先选择专业防护口罩。
无论佩戴何种口罩，均需注意及时更换。棉口罩每日应高温清洗消毒，避免潮湿环境下滋生细菌。佩戴口罩时要完全遮盖口鼻，调整鼻夹贴合面部，避免触摸外层污染面。流感患者更需注重口罩防护，咳嗽时用纸巾遮掩，妥善处理分泌物。出现持续发热、呼吸困难等症状应及时就医。