双黄连和小柴胡的抗病毒效果需根据具体病情判断，两者针对的病毒类型和症状有所不同。
双黄连口服液主要成分为金银花、黄芩、连翘，具有清热解毒作用，对流感病毒、呼吸道合胞病毒等上呼吸道感染病毒有抑制作用，适用于风热感冒引起的发热、咽痛等症状。小柴胡颗粒以柴胡、黄芩、半夏等为主，擅长疏肝和胃、解表散热，对部分消化道病毒或伴有食欲不振、胸胁胀满的病毒感染更适用。从抗病毒谱看，双黄连对呼吸道病毒针对性更强，而小柴胡更适合伴随胃肠症状的病毒感染。
双黄连的寒凉属性可能加重脾胃虚寒者的腹泻，孕妇慎用；小柴胡因含半夏，长期使用可能对肝肾有潜在影响。两者均不宜与滋补类中药同服，风寒感冒患者均不适用。儿童使用需严格遵医嘱调整剂量，过敏体质者需警惕金银花或柴胡成分可能引发的皮疹。
病毒性感染需结合具体症状选择药物，中成药使用前建议明确病因。发热超过3天或出现气促、意识模糊等严重症状时，应及时就医进行抗病毒治疗。日常可通过佩戴口罩、勤洗手等措施预防病毒感染，患病期间保持充足休息和适量饮水有助于恢复。