流感病毒检测为阴性时通常不具有传染性，但存在假阴性或检测窗口期等特殊情况可能造成传染风险。流感病毒主要通过飞沫传播，传染性多出现在症状明显期。
临床常用的流感抗原检测敏感度有限，发病初期病毒载量较低可能出现假阴性结果。患者若处于潜伏期末期或症状初期，即使检测阴性仍可能排出病毒。咽拭子采样不规范、样本运输保存不当等因素也可能影响检测准确性。免疫缺陷患者病毒复制能力弱可能导致持续阴性结果，但仍有潜在传染性。
核酸检测阴性的排除价值较高，但需结合采样时间判断。发病48小时内核酸检测阴性基本可排除传染性，超过72小时检测可能出现病毒载量下降导致的假阴性。恢复期患者检测转阴后，呼吸道可能残留病毒片段但不具备完整传染性。免疫功能正常者症状消失24小时后通常不再排毒。
建议流感检测阴性但有症状者继续佩戴口罩3-5天，避免接触老人、孕妇等高危人群。医疗机构对疑似病例应重复检测或采用PCR复核，居家隔离期间注意通风消毒。出现持续发热或呼吸困难等症状应及时复诊，孕妇、慢性病患者等高风险人群可考虑预防性使用奥司他韦颗粒。