肾囊肿手术三个月后还疼可能与术后恢复不良、神经损伤、继发感染、囊肿复发或瘢痕组织形成有关，可通过药物镇痛、物理治疗、手术复查等方式干预。建议及时复查超声或CT明确病因，避免剧烈运动并遵医嘱处理。
术后恢复不良是常见原因，手术区域组织修复过程中可能出现暂时性牵拉痛或隐痛，通常伴随局部肿胀感。此时可尝试热敷促进血液循环，使用布洛芬缓释胶囊、塞来昔布胶囊等非甾体抗炎药缓解症状，但需排除消化道出血风险。神经损伤多因术中末梢神经受影响，表现为针刺样疼痛或麻木，甲钴胺片、维生素B1片等神经营养药物可能改善症状，配合低频电刺激治疗有助于功能恢复。继发泌尿系统感染时可能出现持续钝痛伴排尿异常，尿常规检查可见白细胞升高，左氧氟沙星片、头孢克肟分散片等抗生素可针对性治疗，同时增加每日饮水量。
囊肿复发或残留可通过影像学检查确认，若新生囊肿压迫肾实质或输尿管，可能需二次行腹腔镜囊肿去顶术。瘢痕组织增生引起的粘连性疼痛通常活动后加重，超声波治疗或局部注射曲安奈德注射液可能减轻炎症反应。日常应保持伤口清洁干燥，避免提重物及腰部过度扭转，高蛋白饮食如鱼肉、鸡蛋可促进组织修复，但合并肾功能异常时需限制蛋白质摄入量。疼痛持续超过一周或伴随发热、血尿需立即就医排查其他并发症。