扁桃体摘除后一般不会经常发炎，但少数情况下可能出现咽喉其他部位的炎症。扁桃体摘除术通过切除病灶组织减少感染风险，但术后仍需注意呼吸道卫生。
扁桃体摘除后，原扁桃体窝区域会逐渐被周围黏膜覆盖，形成瘢痕组织，该区域通常不再成为细菌滋生的温床。术后1-3个月内可能出现暂时性咽部不适，这与手术创面愈合过程有关。多数患者术后呼吸道感染频率明显降低，尤其既往反复发作的化脓性扁桃体炎患者效果更显著。术后护理需保持口腔清洁，使用生理盐水漱口有助于减少细菌定植。
极少数情况下，咽部淋巴组织可能出现代偿性增生，尤其是儿童患者。长期吸烟、空气污染或胃食管反流等因素可能诱发咽炎或喉炎。术后出现持续咽痛伴发热时，需排查是否存在咽旁间隙感染或手术并发症。免疫功能低下者可能更易发生上呼吸道其他部位的感染，此时症状可能与既往扁桃体炎相似。
术后应避免辛辣刺激性食物，保持每日2000毫升水分摄入有助于黏膜修复。建议定期进行鼻腔冲洗，冬季注意佩戴口罩防护。若出现反复咽痛、吞咽困难或持续低热，应及时就诊耳鼻喉科排查病因。术后半年内建议每三个月复查一次，评估咽部愈合情况及淋巴组织状态。