巧克力囊肿一般不会自愈，但可通过生活干预、药物治疗、手术治疗等方式控制病情。巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种表现，主要与经血逆流、免疫异常等因素有关。
1、生活干预
保持规律作息有助于调节内分泌，减少经期不适症状。避免过度劳累或剧烈运动，防止囊肿破裂。经期注意保暖，使用热敷缓解下腹坠痛。饮食上减少红肉、高脂食物摄入，适量补充富含维生素的蔬菜水果。
2、药物治疗
遵医嘱使用孕三烯酮胶囊可抑制卵巢功能，减少内膜组织生长。地诺孕素片能缓解疼痛并缩小囊肿体积。促性腺激素释放激素激动剂如亮丙瑞林注射液可暂时阻断雌激素分泌。药物治疗需持续3-6个月，期间可能出现闭经等副作用。
3、中医调理
桂枝茯苓丸可改善气血瘀滞引起的痛经。少腹逐瘀颗粒对寒凝血瘀型囊肿有一定缓解作用。需在中医师辨证指导下服用，配合艾灸关元、三阴交等穴位。
4、穿刺硬化
超声引导下穿刺抽吸囊液后注入无水乙醇，适用于直径小于5厘米的单纯性囊肿。该方法创伤小但复发率较高，术后需配合药物抑制复发。
5、腹腔镜手术
腹腔镜下囊肿剥除术能彻底清除异位内膜组织，保留正常卵巢功能。对于有生育需求者，术中需注意保护卵巢储备。术后复发率与病变程度相关，严重者可能需要切除卵巢。
建议每3-6个月复查超声监测囊肿变化，出现急性腹痛需立即就医。日常可练习瑜伽、普拉提等舒缓运动，避免骑自行车等压迫腹部的活动。保持外阴清洁，经期勤换卫生巾，减少盆腔感染风险。计划妊娠者应尽早就诊评估生育力。