甲型流感病毒感染通常可以治愈，多数患者通过规范治疗和充分休息可在1-2周内康复。少数合并严重并发症或免疫功能低下者可能需更长时间治疗。
甲型流感病毒属于自限性疾病，健康人群感染后以对症治疗为主。发病初期使用奥司他韦胶囊、扎那米韦吸入粉雾剂等抗病毒药物可缩短病程。发热症状可选用对乙酰氨基酚片或布洛芬缓释胶囊缓解，咳嗽明显时可配合盐酸氨溴索口服溶液。同时需保证每日2000毫升以上饮水，卧床休息至体温正常3天。普通患者通过上述干预，病毒通常在5-7日内被免疫系统清除，呼吸道症状逐渐消退。
老年患者、慢性心肺疾病患者或孕妇等高风险人群可能出现病毒性肺炎、心肌炎等并发症。这类患者需住院接受帕拉米韦氯化钠注射液静脉治疗，合并细菌感染时需联用阿莫西林克拉维酸钾片。严重呼吸衰竭患者可能需要机械通气支持，此类情况恢复期可能延长至3-4周。早产儿、器官移植术后患者等免疫功能严重受损者，病毒清除时间可能进一步延长。
治愈后1个月内应注意避免剧烈运动，每日保证8小时睡眠，适量增加鸡蛋、鱼肉等优质蛋白摄入。恢复期出现胸闷、持续乏力等症状应及时复查心肌酶谱。接种季节性流感疫苗可有效预防再次感染，建议在症状完全消失2周后接种。