容易与尖锐湿疣混淆的疾病主要有假性湿疣、扁平湿疣、鲍温样丘疹病、皮脂腺异位症和珍珠状阴茎丘疹。这些疾病在临床表现上与尖锐湿疣相似，但病因、治疗方式及预后存在差异，需通过专业检查鉴别诊断。
1、假性湿疣
假性湿疣多见于女性小阴唇内侧，表现为密集分布的鱼籽状或绒毛状小丘疹，表面光滑，对称生长。该病属于生理性变异，可能与局部慢性刺激或分泌物刺激有关，通常无须治疗。若伴有瘙痒或炎症，可遵医嘱使用红霉素软膏或硼酸洗液局部处理，避免搔抓或过度清洁。
2、扁平湿疣
扁平湿疣是二期梅毒的典型表现，好发于肛周、会阴等潮湿部位，皮损呈扁平湿润的灰白色斑块，表面可有糜烂。梅毒螺旋体感染是主要病因，需通过血清学检测确诊。治疗首选青霉素注射液，同时需对性伴侣进行筛查。未及时治疗可能进展为神经梅毒或心血管梅毒。
3、鲍温样丘疹病
鲍温样丘疹病表现为生殖器部位多发性色素性丘疹，表面可有鳞屑，与低危型HPV感染相关。病理检查可见表皮细胞异型性增生。可遵医嘱使用咪喹莫特乳膏局部治疗，或采用冷冻疗法去除皮损。该病有恶变倾向，需定期随访观察。
4、皮脂腺异位症
皮脂腺异位症是皮脂腺在黏膜部位的异位分布，表现为口腔黏膜、阴茎冠状沟等处的黄色小丘疹，无自觉症状。该病属于良性病变，与激素水平变化有关，通常无须特殊处理。若影响美观，可考虑二氧化碳激光治疗，但可能复发。
5、珍珠状阴茎丘疹
珍珠状阴茎丘疹多见于男性冠状沟边缘，呈珍珠白色半透明丘疹，排列成环状。该病为正常解剖变异，可能与局部卫生状况或包皮过长有关。一般无需治疗，合并包皮过长者可考虑包皮环切术。需注意与尖锐湿疣的菜花样皮损区分。
日常应注意保持会阴部清洁干燥，避免不洁性行为。若发现生殖器部位异常增生，应及时就医进行醋酸白试验、HPV检测或病理活检以明确诊断。确诊前避免自行用药，尤其不可滥用腐蚀性药物。治疗期间应禁止性生活，性伴侣需同步检查。定期复查有助于监测病情变化和预防复发。