三个月宝宝拉棕褐色大便可能与饮食因素、胃肠功能紊乱、乳糖不耐受、消化道出血、胆道梗阻等因素有关。母乳喂养的宝宝可能与母亲饮食相关，配方奶喂养的宝宝可能与奶粉成分有关，若伴随其他异常症状需警惕病理性原因。
1、饮食因素
母乳喂养的宝宝大便颜色受母亲饮食影响，若母亲摄入较多动物肝脏、菠菜等含铁食物，或宝宝补充铁剂，可能导致大便呈棕褐色。配方奶喂养的宝宝可能与奶粉中铁元素未被完全吸收有关。这种情况无须特殊处理，调整饮食后大便颜色可逐渐恢复正常。
2、胃肠功能紊乱
宝宝消化系统发育不完善，可能出现胃肠蠕动异常或消化酶分泌不足，导致食物在肠道停留时间延长，胆红素被氧化形成棕褐色大便。通常伴随大便次数增多或减少、轻微腹胀。可尝试腹部按摩或调整喂养间隔，必要时遵医嘱使用枯草杆菌二联活菌颗粒、双歧杆菌三联活菌散等益生菌调节肠道菌群。
3、乳糖不耐受
部分宝宝因乳糖酶缺乏导致乳糖消化障碍，未分解的乳糖在结肠发酵会产生深色代谢物。典型表现为大便呈棕褐色且有酸臭味，可能伴随泡沫便、肠鸣音亢进。建议家长暂时改用低乳糖配方奶，或遵医嘱补充乳糖酶口服溶液，同时监测体重增长情况。
4、消化道出血
上消化道少量出血时，血液经胃酸作用后形成硫化铁，可能导致大便呈棕褐色。可能与急性胃炎、食管黏膜损伤等因素有关，常伴随拒奶、哭闹不安等症状。需及时就医排查，必要时进行便潜血试验或胃镜检查，医生可能开具蒙脱石散、奥美拉唑肠溶胶囊等药物。
5、胆道梗阻
先天性胆道闭锁等疾病会导致胆汁排泄受阻，胆红素无法正常进入肠道，早期可能表现为间断性棕褐色大便，后期逐渐转为陶土色。通常伴随皮肤黄染、尿液颜色加深。需通过腹部B超、胆道造影等检查确诊，部分病例需进行葛西手术或肝移植治疗。
家长应记录宝宝大便次数、性状变化及伴随症状，母乳喂养者需注意饮食清淡，避免摄入含铁量过高或易致敏食物。若棕褐色大便持续超过3天，或伴随发热、呕吐、精神萎靡等症状，须立即就医。平时可适当给宝宝做排气操促进胃肠蠕动，更换奶粉时应循序渐进过渡，避免突然改变喂养方式。