核磁共振没有电离辐射，CT检查存在电离辐射。影像学检查的选择需根据病情需要决定，核磁共振适用于软组织成像，CT对骨骼和急性出血更敏感。
核磁共振成像利用磁场和射频波生成图像，过程中不产生X射线，因此不存在辐射损伤风险。该技术对脑组织、脊髓、关节软骨等结构的显示具有优势，检查时间通常较长，体内有金属植入物者可能受限。CT扫描通过X射线束旋转采集数据，电离辐射可能对细胞DNA造成潜在影响，但现代设备已大幅降低剂量。其快速成像特点适合急诊创伤评估，高分辨率骨窗能清晰显示骨折线。
两种检查的辐射差异主要体现在电离辐射的有无而非大小。CT的辐射剂量与扫描范围、参数设置直接相关，低剂量胸部CT的辐射量相当于半年自然本底辐射，而腹部增强CT可能达到数倍剂量。特殊人群如孕妇需谨慎评估，儿童应优先选择无辐射的超声或核磁共振。临床决策需综合考量诊断需求、患者耐受性及潜在风险，医生会根据适应症选择最合适的检查方式。
接受影像学检查前后无须特殊防护，但应避免短期内重复进行不必要的CT扫描。检查时配合技师指令保持体位静止，可提高图像质量减少重复扫描。育龄期女性进行CT前应告知医生怀孕可能性，检查后适当增加饮水促进造影剂排泄。若对辐射存在顾虑，可与主治医生充分沟通替代方案。