囊胚移植后宫外孕的概率为1-3%，低于自然妊娠的2-5%。囊胚移植技术通过直接胚胎定位可降低异位妊娠风险，但输卵管异常、子宫内膜因素等仍可能导致宫外孕发生。
囊胚移植过程中，胚胎被直接植入子宫腔理想位置，减少了胚胎游走至输卵管的可能性。临床数据显示，采用囊胚移植技术后，宫外孕发生率较卵裂期胚胎移植下降明显。该技术能更准确模拟自然妊娠时胚胎进入子宫的时间窗，同时通过实验室筛选提高了胚胎质量。移植前宫腔评估和输卵管通畅性检查可进一步降低风险，但既往盆腔炎、输卵管手术史患者仍需警惕。
少数情况下，即使进行囊胚移植仍可能发生宫外孕，常见于合并输卵管积水、子宫内膜异位症或子宫畸形患者。胚胎移植后异常子宫收缩可能将胚胎推向输卵管，而子宫内膜容受性差也会增加异位着床风险。此外，移植操作技术因素如移植管放置过深、移植液量过多等，理论上可能影响胚胎定位。
囊胚移植后应按时监测血HCG水平变化，移植后4周需进行阴道超声确认孕囊位置。出现腹痛、阴道流血等症状须立即就医。保持良好的盆腔血液循环，避免剧烈运动和重体力劳动，移植后2周内禁止性生活。饮食注意补充维生素E和叶酸，维持正常肠道功能预防便秘。心理上保持稳定情绪，过度焦虑可能影响子宫收缩节律。