黄体萎缩不全可能会影响怀孕。黄体功能不足可能导致孕激素分泌减少，影响子宫内膜的容受性，从而降低受孕概率或增加早期流产风险。
黄体萎缩不全时，卵巢黄体无法正常分泌足够的孕激素，子宫内膜可能无法维持适宜胚胎着床的环境。这种情况可能导致月经周期缩短、经期延长或经量异常。部分女性可能出现基础体温双相曲线异常，高温相持续时间不足或波动明显。黄体功能不足会影响受精卵着床和早期胚胎发育，临床表现为反复流产或不孕。
少数情况下，黄体功能虽存在轻微异常，但仍有自然受孕可能。某些女性黄体期孕激素水平处于临界值，可能通过生活方式调整或适度干预达到妊娠条件。极少数案例中，黄体功能不足与其他生殖系统异常同时存在，此时怀孕难度会显著增加。
建议有生育需求的女性若存在月经异常或反复流产情况，应及时进行生殖激素检查。确诊黄体功能不足后，医生可能会建议使用黄体酮胶囊、地屈孕酮片等药物进行黄体支持治疗。备孕期间保持规律作息，避免过度劳累，适当补充维生素E等营养素也有助于改善黄体功能。