CT在癫痫诊断中具有一定辅助价值，但并非首选检查手段。癫痫的诊断主要依赖脑电图和临床表现，CT主要用于排除结构性脑病变如肿瘤、出血或钙化灶等继发性癫痫病因。
CT扫描对急性脑出血、脑外伤、颅内占位性病变等结构性异常有较高检出率。对于新发癫痫患者，尤其是存在局灶性神经系统症状或体征时，CT可快速筛查是否存在需紧急处理的颅内病变。中老年癫痫患者首次发作时，CT能有效识别脑血管畸形或陈旧性脑梗死等潜在病因。儿童癫痫患者若伴有发育迟缓或头颅异常增大，CT可评估脑室系统状况及脑实质发育情况。
CT对原发性癫痫的诊断价值有限，无法显示功能性异常或微小结构病变。常规CT分辨率不足以识别海马硬化等颞叶癫痫常见病因，对皮质发育不良的检出率也较低。电离辐射风险使CT不适合用于癫痫患者的长期随访监测。孕妇及儿童癫痫患者应谨慎选择CT检查，避免不必要的辐射暴露。
癫痫患者进行CT检查时建议选择薄层扫描以提高分辨率，必要时可进行增强扫描。磁共振成像在癫痫灶定位和病因诊断上更具优势，建议结合临床表现选择合适的影像学检查方案。癫痫发作后72小时内进行CT检查可提高急性病变检出率，但阴性结果不能排除癫痫诊断。