长期佩戴三棱镜可能引起视疲劳、双眼协调功能异常或心理依赖，通常与使用不当或个体适应性差异有关。
三棱镜主要用于矫正斜视或缓解视疲劳，但长期佩戴可能因过度依赖导致眼部肌肉调节能力下降。部分人群可能出现头痛、眩晕等不适，这与棱镜度数不匹配或佩戴时间过长有关。棱镜的光学特性会改变光线折射路径，若未经专业验配，可能加重原有视功能问题。儿童长期使用还可能影响双眼视功能的正常发育。
极少数情况下，长期佩戴高屈光度三棱镜可能诱发隐性斜视显性化。特殊职业人群如驾驶员若使用不当，可能因棱镜导致的视物变形而影响空间判断。存在视网膜病变或青光眼等基础眼病患者，未经评估使用三棱镜可能加剧病情进展。
建议在眼科医生指导下规范使用三棱镜，定期复查视功能和棱镜适配情况。日常注意用眼卫生，避免连续佩戴超过4小时，出现视物重影或眼胀时应及时停用。可通过交替遮盖训练、眼球运动操等方式减少对棱镜的依赖，保持每天2小时以上的自然视觉状态。