2价HPV疫苗和4价HPV疫苗的主要区别在于预防的病毒亚型数量和适用人群范围。2价HPV疫苗可预防HPV16、18型感染，适用于9-45岁女性；4价HPV疫苗可预防HPV6、11、16、18型感染，适用于20-45岁女性和男性。
2价HPV疫苗针对的是高危型HPV16和18型，这两种亚型与宫颈癌的发生密切相关。该疫苗采用AS04佐剂系统，能增强免疫应答效果，对部分非疫苗覆盖的HPV亚型也有交叉保护作用。接种程序为0、1、6个月三剂次，接种后可显著降低宫颈癌前病变和宫颈癌的发生风险。4价HPV疫苗除覆盖HPV16、18型外，还可预防低危型HPV6和11型感染，这两种亚型主要引起生殖器疣。该疫苗采用铝佐剂，接种程序同样为三剂次。男性接种4价疫苗可降低生殖器疣和肛门癌风险，这是2价疫苗不具备的功能。
两种疫苗在预防HPV16、18型相关疾病方面的效果相当，不良反应发生率也相似，常见局部红肿、疼痛和轻度发热。4价疫苗因覆盖更多病毒亚型，在公共卫生效益方面更具优势。2价疫苗对宫颈癌的专一防护效果略优，且价格通常更为经济。选择时需考虑年龄、性别、预防需求和接种可及性等因素。
无论选择哪种HPV疫苗，都建议在首次性行为前完成全程接种以获得最佳保护效果。接种后仍需定期进行宫颈癌筛查，因疫苗不能预防所有高危HPV亚型。保持良好的生活习惯和安全性行为有助于进一步降低HPV感染风险。接种前应咨询专业医生，根据个体情况选择适合的疫苗类型。