左氧氟沙星和盐酸左氧氟沙星的主要区别在于药物存在形式及临床应用特性，两者活性成分相同但化学结构存在差异。
左氧氟沙星是喹诺酮类抗生素的活性成分，通过抑制细菌DNA旋转酶发挥抗菌作用，对革兰阴性菌、部分革兰阳性菌及非典型病原体均有覆盖。其分子结构中的羧酸基团直接参与抗菌活性，但游离形式溶解度较低，可能影响口服吸收效率。盐酸左氧氟沙星是左氧氟沙星的盐酸盐形式，通过盐酸基团修饰提高药物溶解度和生物利用度，尤其适合制成口服制剂。两种形式在注射剂中均可使用，但盐酸盐形式在胃肠道中更易解离为活性成分，故片剂、胶囊等固体制剂多采用盐酸盐形式。临床疗效方面，两者抗菌谱和强度无本质差异，但盐酸盐剂型可能更快达到有效血药浓度。
两种形式均需注意光敏反应、肌腱损伤等不良反应，使用期间应避免阳光直射。盐酸左氧氟沙星因溶解性更佳，可能减少部分患者胃肠刺激症状，但具体选择需根据剂型、适应症及患者个体情况决定。肾功能不全者均需调整剂量，且禁止与含铝、镁的抗酸药同服。妊娠期、哺乳期及18岁以下人群应避免使用。