显微镜下结肠炎主要表现为慢性水样腹泻、腹痛、体重减轻，可能伴有腹胀和乏力。显微镜下结肠炎分为胶原性结肠炎和淋巴细胞性结肠炎两种亚型，需通过结肠黏膜活检确诊。
显微镜下结肠炎的核心症状是持续性或间歇性水样腹泻，每日排便次数可能超过10次，夜间腹泻较常见。腹泻通常持续数周至数月，粪便中不含肉眼可见的血液或黏液。约半数患者出现轻度至中度腹痛，多位于下腹部或脐周，呈绞痛或钝痛，排便后可暂时缓解。由于长期腹泻和吸收不良，部分患者可能出现渐进性体重下降，下降幅度可达体重的5%-10%。其他非特异性表现包括腹胀、食欲减退、疲劳感，少数患者可能有关节疼痛或轻度发热。症状严重程度与病理改变程度不完全相关，部分病理改变明显的患者临床症状反而较轻。
显微镜下结肠炎的特殊亚型表现存在差异。胶原性结肠炎多见于中老年女性，腹泻症状往往更顽固，结肠黏膜下层可见增厚的胶原带。淋巴细胞性结肠炎发病年龄相对较轻，男女比例相近，组织学特征为上皮内淋巴细胞浸润增多。两种亚型均可因服用非甾体抗炎药、质子泵抑制剂或抗抑郁药诱发或加重症状。部分患者合并乳糜泻、甲状腺疾病或糖尿病等自身免疫性疾病，可能出现相应系统的临床表现。
建议患者记录排便频率和性状变化，避免摄入咖啡因、乳制品和高脂食物等可能加重腹泻的因素。确诊需进行结肠镜检查并多点取材活检，治疗包括调整用药、饮食管理和药物治疗，需在消化科医生指导下制定个体化方案。长期腹泻患者应注意补充水分和电解质，定期监测营养状况。