益生菌早上或晚上服用均可，具体时间需根据菌种特性、个体胃肠状态及用药目的调整。部分菌株适合晨起空腹服用以避开胃酸干扰，而部分菌株则建议随餐或睡前服用以增强定植效果。
早晨空腹时胃酸分泌较少，部分对酸敏感的益生菌如双歧杆菌、嗜酸乳杆菌等更易存活到达肠道。此时服用可避免胃酸破坏，提高活菌到达率。同时晨起排便后补充益生菌有助于快速建立肠道菌群平衡，尤其适合便秘或肠道功能紊乱人群。但需注意避免与抗菌药物、咖啡等刺激性饮品同服，间隔2小时以上为宜。
夜间睡眠期间胃肠蠕动减缓，益生菌在肠道停留时间延长，有利于某些菌株如鼠李糖乳杆菌的定植繁殖。晚餐后服用可借助食物缓冲胃酸影响，适合胃酸分泌过多或肠易激综合征患者。对于改善睡眠质量相关的菌株，如格氏乳杆菌，睡前服用可能通过肠脑轴调节发挥更好效果。但需避免与高脂夜宵同服，以免影响菌群活性。
选择益生菌服用时间应结合产品说明书建议，不同菌株对酸碱环境耐受性差异显著。肠溶型益生菌制剂受时间影响较小，但普通制剂仍需考虑胃肠环境因素。建议根据自身消化节律调整，固定时间服用更利于维持肠道菌群稳定。若出现腹胀等不适可尝试调整至餐后服用，或咨询医生更换耐酸型菌株。日常需配合膳食纤维摄入，避免高温食物破坏益生菌活性。