电子肛门镜和肠镜的主要区别在于检查范围、适用疾病和操作方式。电子肛门镜主要用于检查直肠末端和肛门部位，肠镜则能观察整个大肠包括直肠、结肠和回盲部。两种检查方式各有针对性，需根据病情选择。
电子肛门镜通过肛门插入约10厘米，可清晰显示直肠末端黏膜、齿状线及肛管结构，适用于痔疮、肛裂、肛瘘、直肠息肉等肛门直肠疾病的诊断。检查前仅需简单清洁肠道，操作时间较短，患者不适感较轻。肠镜需从肛门插入约1.5米长的软管，能全面观察大肠黏膜情况，适用于炎症性肠病、结肠息肉、结肠癌等疾病的筛查和诊断。检查前需严格进行肠道准备，服用清肠药物排空肠道，操作时间相对较长，过程中可能需要进行活检或息肉切除等治疗。
肠镜在检查过程中可对发现的病变进行即时处理，如止血、切除息肉等，具有诊断和治疗双重功能。电子肛门镜主要用于诊断，治疗功能有限。肠镜对操作者技术要求较高，需要专业培训的消化内科医师完成。电子肛门镜操作相对简单，可由肛肠科医师或经过培训的普外科医师实施。两种检查都可能引起腹胀、腹痛等不适，但肠镜因检查范围大、时间长，不适感通常更明显。
选择检查方式应根据具体症状和医生建议决定。肛门疼痛、便血等症状可先进行电子肛门镜检查，怀疑结肠病变或需全面筛查时选择肠镜。40岁以上人群建议定期进行肠镜检查以筛查结肠癌。检查后应保持清淡饮食，避免剧烈运动，出现持续腹痛或便血需及时就医。