过氧化物酶体不属于内膜系统。内膜系统主要包括内质网、高尔基体、溶酶体、核膜等结构，而过氧化物酶体是独立于内膜系统的单层膜细胞器。
内膜系统由相互连接的膜性结构组成，各组分通过囊泡运输或膜接触实现功能联系。内质网负责蛋白质合成与脂质代谢，高尔基体参与蛋白质加工分选，溶酶体降解大分子物质，核膜则分隔细胞核与细胞质。这些结构在功能上高度协同性，共同维持细胞内物质合成、修饰、转运和降解的稳态。过氧化物酶体虽为单层膜结构，但其形成不依赖内膜系统，主要通过分裂增殖或从头合成产生，主要功能是分解脂肪酸、解毒过氧化氢等，代谢途径与内膜系统无直接关联。
过氧化物酶体与内膜系统的差异还体现在蛋白质分选机制上。内膜系统蛋白通常通过信号肽引导至内质网，再经高尔基体转运；而过氧化物酶体蛋白依赖特定的靶向信号直接定位。此外，过氧化物酶体膜脂成分与内膜系统不同，缺乏胆固醇且富含缩醛磷脂。研究显示，过氧化物酶体功能障碍可能导致遗传性代谢疾病，如肾上腺脑白质营养不良，而内膜系统异常则多影响分泌或内吞途径。
日常可通过均衡饮食维持细胞器健康，适量摄入富含抗氧化物质的食物如西蓝花、坚果等，减少高脂饮食对过氧化物酶体代谢的负担。若存在代谢异常症状，建议尽早就医检查。