食管囊肿癌变的概率较低，多数情况下属于良性病变。食管囊肿是食管壁内形成的囊性结构，通常由先天性发育异常或后天性因素导致，临床表现为吞咽困难、胸骨后不适等症状。
食管囊肿的病理类型以先天性重复囊肿和潴留性囊肿为主，这两种类型极少发生恶变。先天性重复囊肿源于胚胎期食管发育异常，囊壁结构与正常食管相似，细胞分化良好，恶变风险极低。潴留性囊肿多因食管腺体导管阻塞形成，囊内为黏液性分泌物，长期随访数据显示其稳定性较高。部分病例可能出现囊肿增大压迫周围组织，但细胞学检查通常未见异型性改变。对于体积较小且无症状的囊肿，定期胃镜监测即可，无须特殊处理。
极少数情况下，当囊肿内壁出现异常增生或合并特殊病理改变时可能发生恶变。长期慢性炎症刺激可能导致囊壁黏膜发生肠上皮化生，进而发展为不典型增生。食管囊肿合并人乳头瘤病毒感染时，病毒基因整合可能诱发上皮细胞异常增殖。影像学检查发现囊肿壁不规则增厚、内部出现实性成分时，需通过超声内镜引导下穿刺活检明确性质。此类病例在临床中不足百分之一，且多伴有其他高危因素如长期胃食管反流、吸烟史等。
建议确诊食管囊肿的患者每1-2年进行胃镜复查，重点观察囊肿形态和黏膜变化。日常应避免进食过热、辛辣刺激性食物，戒烟限酒以减少黏膜损伤。若复查发现囊肿增长速度超过每年1厘米或出现进食梗阻加重，需及时就诊评估手术指征。手术切除是根治囊肿的有效方法，微创内镜下切除术后复发率低于百分之五。