孤立性直肠溃疡综合征需与溃疡性结肠炎、克罗恩病、直肠癌、放射性直肠炎、肠结核等疾病鉴别。该病以直肠黏膜孤立性溃疡为特征，临床易与其他肠道病变混淆，需结合内镜、病理及影像学检查明确诊断。
1、溃疡性结肠炎
溃疡性结肠炎表现为连续性结肠黏膜炎症，内镜下可见弥漫性充血糜烂，病变从直肠向近端延伸。病理检查可见隐窝脓肿和杯状细胞减少。需使用美沙拉秦肠溶片、柳氮磺吡啶肠溶片等氨基水杨酸制剂控制炎症，重症需糖皮质激素治疗。
2、克罗恩病
克罗恩病为透壁性炎症，内镜下可见跳跃性分布的纵行溃疡和鹅卵石样改变，常伴肠壁增厚和瘘管形成。病理可见非干酪样肉芽肿。治疗需采用英夫利西单抗注射液、阿达木单抗注射液等生物制剂，合并狭窄需手术干预。
3、直肠癌
直肠癌溃疡边缘隆起呈堤坝状，基底凹凸不平伴坏死，内镜活检可见异型腺体结构。增强CT显示肠壁不规则增厚及周围淋巴结转移。确诊后需根据分期选择直肠癌根治术，辅以卡培他滨片、奥沙利铂注射液等化疗方案。
4、放射性直肠炎
放射性直肠炎有盆腔放疗史，内镜下可见黏膜苍白、毛细血管扩张和脆性增加，溃疡多位于前壁。治疗以硫糖铝混悬液保留灌肠为主，出血严重时可采用福尔马林局部涂抹或氩离子凝固术止血。
5、肠结核
肠结核溃疡呈环形分布，边缘呈鼠咬状，常伴回盲部受累和腹腔淋巴结钙化。病理可见干酪样坏死性肉芽肿。需规范使用异烟肼片、利福平胶囊等抗结核药物，疗程6-9个月，合并肠梗阻需手术切除病变肠段。
患者出现便血、黏液便、里急后重等症状时，应及时完善肠镜及病理检查。日常需保持高纤维饮食，避免用力排便，便秘者可短期使用乳果糖口服溶液调节肠道功能。确诊后应严格遵医嘱治疗，定期复查肠镜监测病情变化。