低位复杂性肛瘘可通过药物治疗、挂线疗法、手术治疗等方式治疗。低位复杂性肛瘘可能与肛腺感染、肛周脓肿破溃等因素有关，通常表现为肛周肿痛、分泌物渗出等症状。
1、药物治疗
急性期可遵医嘱使用头孢克肟分散片、甲硝唑片等抗生素控制感染，配合高锰酸钾溶液坐浴减轻炎症。若伴随疼痛可短期使用双氯芬酸钠缓释片缓解症状。药物治疗适用于感染未扩散或手术前准备阶段，但无法根治瘘管。
2、挂线疗法
通过橡皮筋或丝线缓慢切割瘘管，使组织逐步愈合。该方法创伤较小，能避免肛门失禁风险，适用于瘘管穿过肛门括约肌的患者。治疗期间需定期收紧挂线并配合坐浴，愈合周期通常需要4-6周。
3、手术治疗
瘘管切开术直接开放瘘管并清除坏死组织，适用于浅表低位瘘管。肛瘘切除术完整切除瘘管及周围瘢痕组织，复发率较低但创伤较大。术后需保持创面清洁，使用复方角菜酸酯栓促进黏膜修复。
患者应避免久坐久站，每日用温水清洗肛周并更换透气棉质内裤。饮食需增加燕麦、西蓝花等富含膳食纤维的食物，减少辛辣刺激。术后3个月内禁止剧烈运动，定期复查瘘管愈合情况。若出现发热或创面渗液增多需及时就医。