深度水解奶粉和氨基酸奶粉的主要区别在于蛋白质分解程度和适用人群，深度水解奶粉适用于牛奶蛋白轻度过敏的婴幼儿，氨基酸奶粉则用于重度过敏或对深度水解奶粉仍不耐受的患儿。
深度水解奶粉通过酶解技术将牛奶蛋白分解为小分子肽段和游离氨基酸，保留部分免疫耐受性，可能帮助婴幼儿逐步适应蛋白质。其口感相对接近普通奶粉，营养成分较完整，适合对牛奶蛋白有轻微过敏反应但无严重消化道症状的儿童。部分产品添加益生菌或核苷酸以支持肠道健康，长期使用需监测生长发育指标。
氨基酸奶粉采用完全游离氨基酸作为蛋白质来源，彻底规避过敏原，适用于出现便血、严重湿疹或生长迟缓等重度过敏表现的婴幼儿。其蛋白质吸收无需消化过程，但口感较差且成本较高，通常作为诊断性治疗或严重过敏的首选方案。使用期间需定期评估营养状况，多数患儿在症状控制后可尝试转回深度水解奶粉。
选择奶粉时应根据过敏严重程度由医生指导，转换奶粉需循序渐进观察耐受反应。喂养期间注意记录排便、皮疹等变化，配合辅食添加时优先选择低敏食材，定期进行营养评估和过敏原检测以调整喂养方案。