B超检查并不适合所有疾病检查，其适用范围主要与组织密度和检查目的有关。B超对实质性脏器、软组织及液体环境显像效果较好，但对含气器官或骨骼疾病的诊断存在明显局限性。
B超在肝胆胰脾肾等实质性脏器的检查中具有显著优势，能够清晰显示器官形态结构变化，例如肝脏囊肿、胆囊结石、肾积水等病变。妊娠期胎儿发育监测、甲状腺结节筛查、乳腺肿块评估也常作为首选检查手段。血管超声可无创评估血流动力学状态，对下肢静脉血栓、颈动脉斑块等有较高诊断价值。对于腹腔积液、胸腔积液等液体蓄积情况，B超能快速定位并指导穿刺引流。
肺部疾病因肺泡内气体干扰声波传导，B超检查效果远不及X线或CT。胃肠等空腔脏器因内容物干扰和气体遮挡，通常需要内镜或钡餐造影辅助诊断。骨骼系统因钙质对超声波强烈反射，骨折、骨肿瘤等病变需依赖X线或核磁共振。中枢神经系统受颅骨屏障限制，除新生儿前囟未闭合时可进行脑部B超外，常规需采用CT或MRI检查。
选择影像学检查时应根据疑似疾病类型综合判断，B超可与其他检查手段互补。检查前需去除检查部位金属物品，腹部B超需空腹8小时，盆腔B超需憋尿充盈膀胱。特殊人群如孕妇进行B超检查时应主动告知妊娠周数，检查后及时擦除耦合剂避免皮肤过敏。若检查结果异常，应携带报告单至专科门诊进一步评估。