四价宫颈癌疫苗只打两针可能无法达到最佳免疫效果，但部分保护作用仍存在。四价宫颈癌疫苗标准接种程序为三针，分别在第0、2、6个月完成，若仅接种两针，抗体水平可能不足。
四价宫颈癌疫苗通过刺激机体产生针对人乳头瘤病毒6型、11型、16型、18型的抗体来预防感染。完整接种三针后，疫苗对HPV16和18型引起的宫颈癌前病变保护效果可达较高水平，对HPV6和11型引起的生殖器疣也有预防作用。研究显示，两针接种后产生的抗体滴度低于三针完整接种，尤其对HPV18型的保护可能较弱。部分国家允许15岁以下人群采用两针接种程序，但成年女性仍需完成三针接种以确保免疫效果。
若因特殊原因未能完成第三针接种，前两针仍可诱导一定免疫应答，但保护持续时间和强度可能受限。疫苗产生的抗体水平会随时间逐渐下降，缺乏第三针加强可能导致保护期缩短。对于已接种两针的女性，若未超过疫苗说明书规定的最大接种间隔时间，仍建议补种第三针。超过推荐接种时间的情况，无需重新开始接种程序，直接补种剩余剂次即可。
接种疫苗后仍需定期进行宫颈癌筛查，因疫苗未覆盖所有高危型HPV。建议保持健康生活方式，避免吸烟、多个性伴侣等危险因素，注意会阴部清洁卫生。若存在免疫功能低下等情况，应咨询医生是否需要调整接种方案。疫苗不能治疗已有HPV感染或相关疾病，仅用于预防。