肛瘘手术一般需要5000-20000元，具体费用与手术方式、麻醉类型、术后用药及地区经济水平等因素相关。
传统肛瘘切除术费用通常在5000-10000元，适用于单纯性低位肛瘘，手术过程包括瘘管切开和创面处理，术后需5-7天住院观察。肛瘘挂线术费用约8000-15000元，通过橡皮筋慢性切割瘘管，适合高位复杂性肛瘘，住院时间可能延长至7-10天。微创手术如激光闭合术或生物蛋白栓封堵术费用较高，约12000-20000元，但创伤小且恢复快，术后住院时间可缩短至3-5天。一线城市三甲医院费用普遍比二三线城市高10%-30%，因设备及人力成本差异所致。术后换药、抗生素（如头孢克肟分散片）、止痛药（如布洛芬缓释胶囊）及促进愈合药物（如康复新液）等辅助治疗会增加1000-3000元支出。
术后需保持会阴清洁，每日用高锰酸钾溶液坐浴2次，避免久坐久站。饮食以高纤维食物如燕麦、西蓝花为主，忌辛辣刺激。若出现发热、剧烈疼痛或渗液增多，应及时复查。医保报销比例因地而异，职工医保通常可覆盖50%-70%基础手术费用，但微创项目可能需自费。