急性胃肠炎患者一般无须服用阿莫西林，该药物对病毒或非细菌感染性胃肠炎无效。急性胃肠炎的治疗需根据病原体类型选择方案，常见病原体包括病毒、细菌、寄生虫等。
病毒性胃肠炎占急性胃肠炎病例的多数，表现为水样腹泻、恶心呕吐，通常3-7天自愈。此时使用阿莫西林等抗生素不仅无效，还可能破坏肠道菌群平衡。治疗以补液为主，可口服补液盐预防脱水，必要时静脉补液。蒙脱石散可吸附肠道毒素，双歧杆菌三联活菌胶囊有助于恢复肠道微生态。
细菌性胃肠炎可能出现黏液脓血便、持续高热等症状，常见致病菌为沙门菌、志贺菌等。确诊需粪便培养，此时才需考虑抗生素治疗。但阿莫西林并非首选，临床多选用诺氟沙星胶囊、头孢克肟颗粒等针对革兰阴性菌的药物。滥用阿莫西林可能导致细菌耐药，加重病情。
出现急性胃肠炎症状时应及时就医，由医生判断感染类型。治疗期间注意清淡饮食，初期可短暂禁食，症状缓解后逐步过渡到米汤、粥类等低渣食物。保持手部卫生，避免传染他人。若出现持续呕吐、血便、意识模糊等严重症状，需立即急诊处理。