双歧杆菌四联活菌片与三联活菌片的主要区别在于所含菌种数量及组合不同。四联活菌片包含双歧杆菌、乳杆菌、肠球菌和蜡样芽孢杆菌四种活性菌，而三联活菌片通常由双歧杆菌、乳杆菌和肠球菌三种菌组成。
双歧杆菌四联活菌片通过增加蜡样芽孢杆菌的配伍，进一步强化了对肠道菌群的调节能力。蜡样芽孢杆菌能消耗肠道内氧气，为厌氧的双歧杆菌和乳杆菌创造更适宜的生存环境，从而更有效改善肠道微生态失衡。这类制剂常用于治疗因菌群失调引起的腹泻、便秘或腹胀，尤其适用于抗生素相关性腹泻的预防。四联活菌片中的菌株组合具有协同作用，能更全面地覆盖肠道不同部位的定植需求。
双歧杆菌三联活菌片则侧重于基础肠道菌群调节，三种核心菌种共同维持肠道酸性环境，抑制有害菌繁殖。其适应症与四联活菌片类似，但对轻度肠道功能紊乱可能更具性价比。三联制剂在改善婴幼儿消化不良、乳糖不耐受等方面有较多应用。部分三联活菌片会针对特定人群调整菌株比例，如增加乳杆菌含量以增强对致病菌的竞争性排斥作用。
使用益生菌制剂时需注意避免与抗菌药物同服，若必须合用应间隔2-3小时。活菌制剂对温度敏感，应按照说明书要求保存。部分人群可能出现短暂胃肠胀气等不适，通常1-2天后自行缓解。建议根据具体症状严重程度和医生建议选择合适剂型，慢性肠道疾病患者优先考虑四联制剂。