核磁共振与CT主要有成像原理、适用场景、安全性三个核心区别。核磁共振利用磁场和射频波成像，适合软组织检查；CT采用X射线断层扫描，对骨骼和急性出血更敏感。
核磁共振通过强磁场使体内氢原子共振产生信号，无需电离辐射，可多平面成像，对脑组织、脊髓、关节软骨等结构分辨率极高，但检查时间长且对体内金属植入物有限制。CT基于X射线穿透性差异快速生成断层图像，扫描速度仅需数秒，能清晰显示骨折、肺部结节及血管病变，但存在电离辐射风险，孕妇需谨慎选择。
核磁共振无辐射暴露，可重复检查，但幽闭恐惧症患者可能难以耐受封闭式扫描环境，且心脏起搏器患者禁用。CT辐射剂量随检查部位增加，短期内频繁检查需评估累积风险，但其开放式设计更适合急重症或行动不便患者，对钙化灶和急性脑出血的诊断效率显著优于核磁共振。
选择检查方式需结合临床需求，急症优先考虑CT，慢性病或软组织病变推荐核磁共振。检查前应主动告知医生过敏史、妊娠状态及体内金属物情况，检查后多喝水促进造影剂代谢，避免盲目要求重复检查。两种技术各有优势，临床常需互补使用以提高诊断准确性。