益生菌不一定要饭后半小时服用，具体服用时间需根据益生菌种类和个体情况决定。
部分益生菌制剂对胃酸敏感，空腹时胃酸浓度较高可能影响菌群活性，饭后半小时服用可降低胃酸影响。常见如双歧杆菌三联活菌散、枯草杆菌二联活菌颗粒等，这类制剂通常建议餐后服用以提升存活率。但某些耐酸型益生菌如酪酸梭菌活菌胶囊、布拉氏酵母菌散等，受胃酸影响较小，饭前或饭后服用均可。部分特殊剂型的益生菌如肠溶胶囊，能抵抗胃酸直接到达肠道，服用时间限制更少。
儿童或胃肠功能较弱者服用益生菌时，家长需注意观察排便情况。若出现腹胀或腹泻应调整服用时间。益生菌与抗生素联用时需间隔2小时以上，避免抗菌药物灭活益生菌。储存不当导致活菌数下降时，即使按时服用也可能效果不佳，需注意避光密封保存。
选择益生菌制剂时应查看说明书对服用时间的特殊要求。日常可通过酸奶、泡菜等发酵食品补充益生菌，但需控制摄入量避免胃肠不适。若长期存在肠道菌群紊乱症状，建议就医评估后制定个性化补充方案。