肠镜检查一般不会产生明显后遗症，少数情况下可能出现短暂不适。肠镜是诊断结直肠疾病的重要方式，通过内窥镜观察肠道黏膜变化，操作过程规范且安全性较高。
多数情况下肠镜检查后仅会出现轻微腹胀或肛门不适，与检查时注气扩张肠道有关，通常1-2小时内自行缓解。部分敏感人群可能因麻醉药物残留出现短暂头晕或恶心，休息数小时即可恢复。检查过程中取活检可能造成微量出血，但黏膜修复速度快，无须特殊处理。
极少数情况下可能发生肠穿孔或出血等并发症，多见于肠道存在严重溃疡、憩室或肿瘤的患者，或操作过程中器械机械性损伤。这类情况需要立即就医处理，必要时需手术修补。既往有凝血功能障碍、严重心肺疾病或肠道手术史者风险相对增加，需提前告知医生评估。
检查前需严格按医嘱进行肠道准备，避免食物残渣影响观察效果。检查后2小时内禁食，之后从流质饮食逐渐过渡到正常饮食。术后24小时避免剧烈运动，出现持续腹痛、便血或发热需及时就医。定期肠镜检查是结直肠癌筛查的有效手段，建议50岁以上人群每5-10年进行一次。