肛瘘通常需要通过肛门指检、肛门镜检查、磁共振成像和瘘管造影四种方法检查。肛瘘是肛管或直肠与肛门周围皮肤相通的异常管道，多由肛周脓肿破溃后形成，主要症状包括肛门周围反复流脓、肿痛及瘙痒。
1、肛门指检
肛门指检是初步筛查肛瘘的常用方法。医生戴手套后用手指触摸肛管及直肠下端，可感知瘘管内口位置、硬结范围及脓液分泌情况。该方法能判断瘘管走向是否通向直肠，同时排除肛门狭窄或肿瘤等病变。检查前无须特殊准备，但急性感染期可能因疼痛影响操作准确性。
2、肛门镜检查
肛门镜能直观观察肛管齿状线附近的内口开口。通过器械扩张肛门后，可发现充血糜烂的瘘管内口，部分病例可见脓性分泌物溢出。该检查能明确内口与肛窦的关系，辅助鉴别痔疮或肛裂等疾病。操作时可能引起短暂不适，但一般不会导致明显疼痛。
3、磁共振成像
磁共振成像对复杂肛瘘的诊断价值较高。通过三维成像清晰显示瘘管分支走向、与括约肌的关系及周围脓肿范围，尤其适用于高位肛瘘或复发型病例。检查无辐射且软组织分辨率高，能避免手术探查的盲目性。但体内有金属植入物者需提前告知医生。
4、瘘管造影
瘘管造影通过向瘘管外口注入造影剂进行X线摄片。可动态显示瘘管全程走行、内口位置及是否存在支管，对制定手术方案有指导意义。检查前需清洁瘘管腔道，造影剂可能引起轻微胀痛，碘过敏者禁用。该方法现已部分被超声或磁共振替代。
确诊肛瘘后应避免久坐压迫患处，每日用温水坐浴1-2次帮助清洁。饮食需增加膳食纤维摄入，保持大便通畅以减少肛门刺激。急性发作期可遵医嘱使用头孢克肟分散片、甲硝唑片等控制感染，但手术切除仍是根治肛瘘的主要方式。术后需定期换药并观察伤口愈合情况，防止假性愈合或复发。