十二指肠溃疡通常建议做胃镜检查，肠镜一般不作为首选检查方式。胃镜可直接观察十二指肠黏膜病变，肠镜主要用于结肠疾病筛查。
胃镜是诊断十二指肠溃疡的金标准，通过内镜可清晰观察溃疡位置、大小、深度及周围黏膜状态，同时可进行活检排除恶性病变。胃镜检查能准确判断溃疡分期，评估出血风险，并可在检查过程中实施止血治疗。肠镜主要用于检查结肠和末端回肠病变，对十二指肠病变的观察范围有限，仅当怀疑合并结肠疾病或特殊情况下才会考虑联合肠镜检查。
肠镜在十二指肠溃疡诊断中存在明显局限性，常规肠镜仅能到达回盲部，无法完整观察十二指肠球部及降部。除非患者同时存在便血、腹泻等结肠症状，或需要排除克罗恩病等累及全消化道的疾病，否则肠镜检查可能造成医疗资源浪费。胃镜检查前需空腹6-8小时，检查过程会有轻微恶心感；肠镜检查则需要提前进行肠道清洁准备，患者耐受性相对较差。
建议患者在医生指导下选择胃镜检查，检查前1周停用抗凝药物，检查当日携带既往病历资料。术后2小时内禁食禁水，若出现持续腹痛或呕血需立即就医。日常需避免辛辣刺激饮食，规律服用抑酸药物，戒烟限酒并保持情绪稳定。