月经末尾同房可能增加感染风险或导致意外怀孕，但具体后果因人而异。月经期生殖道环境变化、子宫内膜未完全修复等因素可能引发不适。
月经末尾时宫颈口仍处于轻微开放状态，子宫内膜尚未完全修复，此时同房可能将外界细菌带入宫腔。阴道内残留的经血可能改变酸碱平衡，削弱局部防御能力。男性生殖器或手指携带的病原体可能上行感染，诱发子宫内膜炎或盆腔炎。部分女性会因性刺激加重盆腔充血，出现腰骶酸痛或经期延长。使用避孕套可降低感染概率，但无法完全避免经血逆流至输卵管的风险。
少数女性在月经末尾已进入排卵前期，此时同房存在受孕可能。月经周期不规律者更易发生意外排卵，精子在女性体内可存活数天。经血减少后同房可能刺激子宫收缩，导致子宫内膜碎片通过输卵管进入盆腔，增加子宫内膜异位症发生概率。凝血功能异常者需警惕性行为后阴道出血量突然增多。
建议月经完全结束后再恢复同房，期间注意保持外阴清洁干燥。若同房后出现发热、异常分泌物或持续腹痛，需及时妇科就诊排查感染。有生育需求者应通过排卵试纸监测排卵期，避免依赖安全期避孕。