生殖器疱疹临床表现可分为原发性的生殖器疱疹、非原发性的初发的生殖器疱疹。生殖器疱疹有潜伏期，一般3-14天，可以表现为外生殖器或肛门周围有群簇的或者散在的小水疱，2-4天后可以破溃形成糜烂或者溃疡，会感觉到疼痛。腹股沟的淋巴结可能会有肿大，有压痛。有些患者可能有发热、头痛、乏力的症状，病程可以持续2-3周。
这是非原发的初发的生殖器疱疹的症状，还有复发性的生殖器疱疹。原发的疱疹，皮肤破损消退以后，皮疹可以反复的发作。复发性的生殖器疱疹较原来的原发性的皮损要轻，病程较短。皮疹前局部可能会有烧灼感，或有针刺感或感觉的异常，外生殖器和肛门周围可以形成一些小水疱，很快可以进行糜烂，就是浅溃疡，自觉症状比较轻，病程可以持续1周以上。
