预防手足口病引起的粘膜疹，首先保持口腔清洁，多饮水，禁用刺激性药物和食物。局部可涂疱疹净抑制病毒，亦可喷撒西瓜霜，锡类散等。小儿疱疹性口腔炎为预防继发感染可涂2.5%~5%金霉素鱼肝油，1~2小时一次。疼痛严重者可在食前用2%利多卡因涂布局部，食物以微温或凉的流质为宜。发热者可用退热剂，有继发感染时用抗生素。
加强监测，提高监测敏感性是控制本病流行的关键。及时采集合格标本，明确病原学诊断，做好疫情报告，及时发现病人，积极采取预防措施，防止疾病蔓延扩散。托幼机构做好晨间体检，发现疑似病人，及时隔离治疗。被污染的日用品及食具等应消毒，患儿粪便及排泄物用3%漂白粉澄清液浸泡，衣物置阳光下暴晒，室内保持通风换气。
流行时，做好环境、食品卫生和个人卫生，饭前便后要洗手，预防病从口入，家长尽量少让孩子到拥挤公共场所，减少被感染机会，注意婴幼儿的营养、休息，避免日光曝晒,防止过度疲劳，降低机体抵抗力，医院加强预诊，设立专门诊室，严防交叉感染。
