睡眠麻痹通常发生在刚入睡、或是将醒未醒时，因为我们的睡眠周期依序是由入睡期、浅睡期、熟睡期、深睡期，最后进入快速动眼的做梦期，如果快速动眼期提早出现了，就会导致睡眠麻痹，因为此时人的身体呈现出的是休息的状态，而大脑意识却从休息中清醒，这就出现半睡半醒状态，梦境与现实互相交错，导致身体与大脑不能协调一致，也就是说，身体不听大脑指挥了，因为此时全身的肌肉处于张力最低的状态，所以会造成想要动却动不了、想用力却使不出力的状况。
其实睡眠麻痹并不少见，任何年龄的人都会发生，不过，它可以算是一种正常的生理现象，对身体健康也不会有什么不良影响，因此不必过于忧虑。虽然如此，睡眠麻痹的出现，仍然反映出一些值得注意的信息。林医生介绍，一般而言，人在压力比较大、极度疲劳、作息规律不正常、紧张、失眠、焦虑等情形之下，睡眠易提早进入快速动眼期，也就是做梦期，而发生睡眠麻痹。
睡眠麻痹是发生在睡眠周期中的快速动眼期(REM stage)，快速动眼期正是我们进入熟睡开始作梦的睡眠周期。在快速动眼期中我们的骨骼肌除了呼吸肌及眼肌外，都处于极低张力的状态。这是一种保护作用，可以避免我们随著梦境作出动作，而伤害到自己或是枕边人。而睡眠麻痹则是因在快速动眼期中不知是什么原因，意识已清醒过来，但是肢体的肌肉仍停留在低张力状态，而造成不听意识指挥的情形。
